Когда запускаются команды работы с lvm, они (по соображениям безопасности), требуют, что бы были открыты только stdin,stdout,stderr. Если программа обнаружила другие открытые файловые дескрипторы, то она их закрывает и выдает предупреждение.

Избавиться от этих надоедливых предупреждений можно выставив переменную окружения LVM_SUPPRESS_FD_WARNINGS в значение 1

добавить переменную окружения в /etc/environment или в /etc/profile:

echo "export LVM_SUPPRESS_FD_WARNINGS=1">> /etc/environment
echo "export LVM_SUPPRESS_FD_WARNINGS=1">> /etc/profile